En las primeras horas del 23 de Noviembre de 1927 se escuchó movimiento por toda la Inspección, y a las diez de la mañana apareció en el calabozo el jefe de las Comisiones de Seguridad, Mazcorro, quien dijo en voz alta: “¡Miguel Agustín Pro!”. El padre poniéndose de pie, se puso el saco, apretó la mano de Roberto y salió al patio de la Inspección.
No se les había dicho absolutamente nada a los prisioneros, por lo que al salir, y encontrar todo el aparato de ejecución, el padre se sorprendió, pero con toda calma caminó al paredón. El que lo llevaba, Valente Quintana, se acercó y le dijo: “Padre, le pido perdón por la parte que me toca en esto”. Respondió el Padre: “No solo te perdono, sino también te estoy sumamente agradecido”. Condujeron al Padre al lugar donde se hacían prácticas de tiro, los encargados de fusilarlo, soldados de la Gendarmería Montada, formaron el cuadro y se dispusieron a recibir órdenes.
El mayor Torres le preguntó entonces si tenía algún último deseo, y el sacerdote mexicano le respondió: “Que me permitan rezar”. Torres se retiró, dejándolo solo, y luego de unos minutos arrodillado, besó su Santo Crucifijo y poniéndose de pie, se colocó en posición. Al grito de “¡Apunten!” abrió los brazos en cruz y gritó: “¡Viva Cristo Rey!”. Recibió la descarga y cayó sobre su costado derecho, un sargento se acercó a darle el tiro de gracia. El general Cruz, rodeado de sus lugartenientes y todo un séquito de fotógrafos y reporteros, presenció petrificado la ejecución. Sabía que injustamente había asesinado a un inocente y lo había convertido en mártir de Cristo Rey.