Cuando comenzó la persecución religiosa en México, especialmente intensa en la región de Cuquío, Santo Toribio, en compañía de su párroco San Justino Orona (quien también sería martirizado posteriormente), tuvo que vivir en continuo peligro, huyendo por campos y barrancas. Uno de sus mayores sufrimientos, era el no poder celebrar la misa todos los días.
El padre San Atilano Cruz, (martirizado posteriormente también), llegaba a Cuquío para sustituirlo. En septiembre de 1927, por órdenes superiores, Santo Toribio Romo se trasladó a Tequila, en calidad de párroco. Ahí se escondió en una fábrica de tequila, propiedad del Sr. Luis León Aguirre, que se encontraba en la barranca del Agua Calient,. donde lo acompañaban Quica (su incansable y heroica hermana) y su hermano Sacerdote, el Padre Román Romo González. En este lugar fundó centros de catecismo, así como en los ranchos cercanos; celebraba también la misa en esa fábrica.
Acudían a él, con muchos cuidados debidos a la persecución religiosa que existía, personas de Tequila, Amatitán, Arenal, Magdalena y Hostotipaquillo, para bautizar, casarse, confesarse y para solicitar el auxilio sacramental para los enfermos de esos lugares.
El jueves 23 de febrero de 1928 Santo Toribio pidió al Padre Román (su hermano) que le oyera en confesión sacramental y le diera una bendición muy grande; antes de irse le entregó una carta con el encargo de que no la abriera hasta tener noticias de él. Ese día Santo Toribio se notó muy preocupado, pasó el día en su cuarto y en el oratorio que había improvisado.
Al día siguiente viernes 24 de febrero, (viernes primero del mes) después de celebrar la misa, pasó todo el día ordenando el registro parroquial, (pues era obvio que no había notaría). Santo Toribio terminó su trabajo a las cuatro de la mañana del día sábado y decidió dormir un poco. Una hora después, a las 5 a.m. del 25 de febrero de 1928, llegó una tropa de federales y agraristas a la fábrica, pues habían detenido al hombre con quien el Padre Toribio enviaba su correspondencia y lo obligaron a llamar a la puerta. En cuanto ésta se abrió, los soldados entraron violentamente a la fábrica y llegaron a la recámara donde Santo Toribio dormía.
Un agrarista gritó: “Éste es el cura, mátenlo”. Despertando súbitamente, Santo Toribio se sentó en su cama y dijo a los soldados: “Sí soy… pero no me maten…”. Un soldado disparó sobre Santo Toribio, quien se levantó de la cama y se dirigió hacia la puerta de la habitación, donde recibió una segunda descarga que lo hizo caer en los brazos de su hermana María (“Quica”); quien lo tomó en sus brazos y le dijo al oído: “Valor, padre Toribio… ¡Jesús misericordioso, recíbelo! y ¡Viva Cristo Rey!”. Así terminaron sus escasos 27 años de vida y cinco de Sacerdote.
Llevaron su cadáver a Tequila para exhibirlo ante sus fieles. María iba rezando el rosario. Tiraron su cuerpo frente a la presidencia municipal. María se hincó junto a su cadáver y rezó una breve oración. Su rebozo lo empapó de sangre y en la frente le dio el último beso. Fue velado en la casa de la familia Plascencia y al día siguiente (domingo 26 de febrero de 1928), fue enterrado en el cementerio municipal.
Quica llevaba sus vestidos aun manchados con la sangre de su propio hermano; y decía no debemos llorar: el Padre Toribio ya está en el cielo. Démosle gracias a Dios porque le concedió la palma del martirio, que quiso sufrir por el triunfo de la Iglesia.
Veinte años después de su sacrificio, los restos del mártir Toribio Romo regresaron a su lugar de origen, y fueron depositados en la capilla construida por él, en Santa Ana de Guadalupe, Jalisco (lugar de su nacimiento).